En 1615, Ieyasu promulgó también nuevos códigos legales, que establecieron la organización feudal planeada por Hideyoshi y proporcionaron a Japón unos 250 años de paz.

Se estableció una jerarquización de los daimio de acuerdo con sus relaciones con los Tokugawa y los más sospechosos de estos, como los grandes feudos occidentales de Satsuma y Choshu, fueron vigilados por feudos fieles estratégicamente localizados.

El derecho de confirmar la propiedad de cada daimio en lo sucesivo fomentó el poder del sogunado. Las clases sociales se estratificaron de forma rígida en cuatro grupos principales: guerreros, campesinos, artesanos y mercaderes. Los samuráis componían la aristocracia guerrera y gozaban de varios privilegios mientras que los campesinos se organizaron en grupos y poco a poco quedaron fijados a la tierra, pagando impuestos en dinero o especie y otros servicios feudales. La forma de feudalismo establecida por Ieyasu y los sucesivos sogunes Tokugawa se mantuvo hasta el final del periodo feudal a mediados del siglo XIX.
Otro resultado de la dominación Tokugawa fue el aislamiento impuesto a Japón repecto a Occidente. Los comerciantes portugueses, españoles y holandeses habían visitado Japón cada vez más a menudo en el siglo XVI; los sogunes Tokugawa consideraron el cristianismo como potencialmente subversivo y, desde 1612, se persiguió a los cristianos. A los españoles se les denegó el permiso de desembarcar en Japón después de 1624 y, en la década siguiente, una serie de edictos prohibieron el comercio exterior, e incluso la construcción de grandes barcos. Solamente se permitió permanecer en Japón a un pequeño grupo de holandeses, restringidos a la isla artificial de Dejima en el puerto de Nagasaki y limitando sus actividades. Continuó el comercio con China, aunque con una regulación ajustada.
Durante los dos siglos siguientes las formas del feudalismo se mantuvieron estáticas. El bushido, el código de los guerreros feudales, se convirtió en el estandarte de la conducta para los grandes señores y la clase acomodada de los samuráis que actuaron como sus partidarios y administradores. La cultura de Edo, cerrada a la influencia exterior, fue muy activa y produjo el teatro kabuki, el arte de Honami Koetsu y la escuela Ukiyo-e, y la literatura de Ihara Saikaku y Matsuo Basho. El confucianismo pasó a ser la nueva ideología del gobierno, lo que provocó una fuerte reacción tradicionalista y una defensa del nacionalismo proimperial.
A pesar de esto, las nuevas condiciones sociales y económicas de las islas durante el siglo XVIII comenzaron a indicar el inevitable colapso del rígido feudalismo. La población creció rápidamente y agotó hasta el límite los recursos agrícolas. Las comunicaciones internas, el comercio y la economía monetaria aumentaron y se desarrollaron gracias al aumento de la riqueza de los daimio, mientras que los mercaderes ricos aumentaron su poder social y político, constituyendo el grupo más importante de la jerarquía social Tokugawa. Durante el siglo XVIII, Edo, con un millón de habitantes, era la mayor ciudad del mundo, centro de una de las economías más avanzadas y prósperas del mundo preindustrial. A la vez, los disturbios del campesinado se hicieron más frecuentes bajo la presión de la carencia de alimentos.
El nacimiento de la conciencia japonesa del mundo exterior se reconoció en 1720, cuando el sogún Yoshimune revocó la proscripción de los libros europeos. A principios del siglo XIX, las visitas de los europeos, en su mayoría comerciantes y exploradores, se hicieron cada vez más frecuentes, aunque la prohibición era todavía oficial. Los libros y las ideas extranjeros se empezaron a filtrar en Edo, como el pigmento azul de Prusia y el sistema de perspectiva utilizado por los artistas Ukiyo-e. Estados Unidos estaba ansioso por firmar un tratado de amistad y, si fuera posible, de comercio con Japón, con el fin de asegurar la liberación de los balleneros estadounidenses retenidos en la costa japonesa y abrir los mercados japoneses. En 1853, el gobierno estadounidense envió una misión formal a Japón, dirigida por el comodoro Matthew Calbraith Perry al mando de una escuadra de guerra. Después de extensas negociaciones, y ante la amenaza militar estadounidense, Perry y los representantes del emperador firmaron el Tratado de Kanagawa (1854), que abría varios puertos a Estados Unidos y admitía la presencia de un cónsul estable en la capital. En 1858, se alcanzó un acuerdo comercial al que siguieron otros con varias potencias occidentales bajo presión.