Durante esos tres años los militares ampliaron su control sobre la mayoría de las instituciones, estableciendo una represiva dictadura militar. En 1976, Bordaberry tuvo que cancelar las elecciones previstas para ese año y fue depuesto de su cargo de presidente.

Un nuevo Consejo de la Nación eligió como presidente a Aparicio Méndez, antiguo ministro de Salud Pública, para un mandato de cinco años. Uno de los primeros actos de su gobierno fue privar de derechos políticos a quienes habían participado en política entre 1966 y 1973. En 1976, el número de prisioneros políticos encarcelados por el gobierno se elevaba a unas 6.000 personas y las violaciones de los derechos humanos por parte de los militares eran frecuentes. Algunos políticos proscritos volvieron a adquirir sus derechos en los años siguientes, aunque la mayoría no lo consiguió hasta 1980, cuando los partidos Blanco y Colorado volvieron a legalizarse.