El Armería y sus afluentes, el Comala y el Colima, riegan su parte central; el Cihuatlán o Maravasco la del oeste y el Coahuavana, con su afluente el Salado, riega la parte oriental. En la zona costera se localizan varias lagunas: Potrero Grande, Miramar, San Pedrito, Alcazahue, Amela y Cuyutlán, ésta rica en depósitos de sal.
Cuenta con un clima cálido subhúmedo, exceptuando las sierras, en donde es semicálido subhúmedo y las llanuras de Tecomán, en donde es cálido semiseco. Los tipos de vegetación que se pueden encontrar en la región son: selva mediana y baja en la parte occidental, matorral y plantas halófitas y de litoral. A la gran diversidad de climas y agrupaciones vegetales, corresponde una idéntica diversidad faunística: mamíferos felinos, como ocelote, tigrillo, y puma, que se han venido extinguiendo; el jabalí y el venado también son cada día más escasos; entre los roedores se encuentra el Xenomis nelsoni, pequeño animal poco conocido en el mundo.