Sin embargo, las autoridades coloniales tuvieron que enfrentarse a un cambio inevitable. Hacia 1956, cuando acabó la rebelión, habían abandonado su política favorable a los asentamientos de colonos blancos. Los africanos estaban comenzando a implicarse en el gobierno, en un proceso (como el que ya tuvo lugar en África occidental) que llevaría a una autonomía y a la independencia. Se formó un nuevo partido político africano, la Unión Nacional Africana de Kenia (KANU), que obtuvo la mayoría parlamentaria en las elecciones generales previas a la independencia celebradas en 1961. Sin embargo, el KANU rehusó formar gobierno mientras Kenyatta estuviera en la cárcel. Puesto en libertad en 1961, condujo al partido hacia una decisiva victoria electoral en 1963. El 12 de diciembre de 1963 Kenia se convirtió en estado independiente.