Un premier coup d’État a lieu le 14 janvier 1966. Le Premier ministre Balewa et deux chefs de région sont tués. Le commandant en chef de l’armée, le général Johnson Aguiyi-Ironsi, Ibo et chrétien, réplique en arrêtant les putschistes. Populaire, il perd peu à peu le soutien des militaires en refusant de juger les putschistes, qui tout comme lui appartiennent à l’ethnie ibo. Son annonce prématurée en mai 1966, l’abolition de la Constitution fédérale au profit d’un gouvernement unitaire, est perçue comme une tentative de mainmise des Ibo sur le pays et déclenche une réaction nordiste très violente. Le 26 juillet, des officiers du Nord prennent le pouvoir et « éliminent » Ironsi. Son successeur, le général Yakubu Gowon, un Yoruba, rétablit la fédération. En même temps, de nombreux pogroms d’Ibo se déroulent dans le centre et dans le nord du pays. Près de deux millions d’Ibo doivent se réfugier dans leur région natale, dans l’est du pays.