La costa occidental de Kyūshū, en el mar de la China Oriental, es el sector más irregular de la costa japonesa. En la costa oriental, al norte de Tokio, hay algunas ensenadas navegables, pero las mejores bahías y puertos de Japón se encuentran al sur. Entre Honshū, Shikoku y Kyūshū está Seto-Naikai o mar Interior, salpicado de islas y conectado con el océano Pacífico y el mar del Japón (mar Oriental) por tres estrechos angostos a través de los que raramente pasan las tormentas oceánicas. La costa occidental de las islas de Japón, en el mar del Japón (mar Oriental), donde casi no se producen mareas, es relativamente recta y mide menos de 4.830 km; los únicos accidentes destacados en esta zona costera son las bahías de Wakasa y Toyama en Honshū. Japón tiene un paisaje de montañas altas y valles profundos, con muchas llanuras pequeñas. Debido a la secuencia alternante de montaña y valle y a que la mayoría del suelo es rocoso, se estima que sólo el 12,9% del territorio japonés está cultivado.

Las llanuras japonesas se extienden a lo largo de los cursos bajos de los ríos más importantes, en mesetas a lo largo de las laderas inferiores de las cadenas montañosas y en las tierras bajas junto a la costa. Las llanuras más extensas se localizan en Hokkaidō: a lo largo del río Ishikari, en el sector occidental de la isla, siguiendo al río Tokachi en el sureste y rodeando las ciudades de Nemuro y Kushiro en el centro de la costa este. Honshū tiene varias llanuras importantes; en la llanura de Osaka se hallan las ciudades de Kōbe, Kioto y Osaka, en la llanura de Kanto se asienta Tokio, y Nagoya es la ciudad principal de la llanura de Nobi. La llanura de Tsukushi es la más destacada de Kyūshū.

Las montañas de Japón son el rasgo más notable de su topografía. Las cordilleras montañosas se extienden por las islas de norte a sur.

Las principales cadenas radian otras más pequeñas que se extienden lateralmente o corren paralelas a la cordillera principal y a menudo descienden a la costa, donde forman bahías y puertos. En el norte, la isla de Hokkaidō se caracteriza por una cordillera volcánica que desciende desde las Kuriles y aparece en la parte suroccidental de la isla. Estas montañas se bifurcan en dos líneas cerca de la bahía de Uchiura, en la costa suroccidental, y reaparecen en la isla de Honshū en dos cordilleras paralelas; la menor, situada por completo en el noreste, separa el valle del río Kitakami del océano Pacífico. La cordillera principal continúa a través del suroeste hasta que encuentra una masa de sierras que la cruzan, cierran la meseta del río Shinano y forman un cinturón montañoso, el más elevado de Japón, que atraviesa la parte más ancha de la isla. El pico más elevado, con 3.776 m, es el Fuji Yama, un volcán inactivo que se encuentra cerca de Yokohama, y que es uno de los temas favoritos del arte nipón, por su excepcional belleza y por ser único en altura y forma. Una de las cadenas subsidiarias de la cordillera central recibe el nombre de Alpes Japoneses por la grandiosidad de su paisaje; el punto más alto de la cadena es el Yariga (3.180 m). Más al sur, se encuentra otra cadena con elevaciones destacadas, cuya altura máxima es el monte Shirane (3.192 m). Las islas de Shikoku y Kyūshū tienen también cadenas montañosas, aunque ninguna tiene ningún pico superior al Ishizuchi (1.982 m) en la isla de Shikoku. Los volcanes son bastante frecuentes; se conocen unos 200, de los que unos 50 están activos. Las fuentes termales y las áreas volcánicas emiten abundantes gases. "Japón," Enciclopedia Microsoft® Encarta® Online 2008
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