開発のすすんだ日本では、野生動物は大幅に減少した。とくに平地では大型野生動物は少ない。しかし、森におおわれた山が多いので、人口密度の高さの割には野生動物がみられる。ニホンザルは、世界のサル分布の北限である下北半島まで生息している。本州の山地にすむツキノワグマの数はへっているが、大都市東京の西部の山にも少数いることが知られている。四国や九州では絶滅が心配されている。ヒグマは大型のクマで、北海道が南限である。一時へった日本独特のニホンカモシカは、国の天然記念物に指定されてからふえ、現在では農地にまで出てくる地域もある。

ニホンジカ、イノシシ、キツネ、タヌキ、イタチ、ニホンノウサギ、ネズミ、コウモリも比較的多い。北海道のエゾリスをのぞき、本州のニホンリスはそれほど多くない。イリオモテヤマネコ、ツシマヤマネコ、アマミノクロウサギはごく少数生息している。ニホンオオカミはすでに絶滅し、ニホンカワウソは絶滅した可能性が高い。宮崎県南部の都井岬には野生化したウマがいる。両生類のサンショウウオは相当数いるが、西日本のオオサンショウウオは特別天然記念物に指定され、世界最大の両生類として知られる 鳥類は250種(2000年)が生息している。スズメやハトは人里にたくさんおり、キジバトやオナガも少なくない。都市ではカラスが大幅にふえて問題となっている。高山ではライチョウがみられる。国鳥のキジは数が少なくなった。ニッポニア・ニッポンという学名をもつトキは、最後のメス「キン」が2003年(平成15)に死亡して日本産は絶滅、佐渡トキ保護センターでは中国産トキの人工繁殖がおこなわれている。

かつてはたくさんいたアホウドリ、コウノトリもわずかになり、ワシ、タカも少なくなっている。シマフクロウも数をへらし、小笠原の固有種メグロも開発計画で減少が心配されている。何種類かのキツツキがいるが、沖縄のノグチゲラ、カンムリワシ、北日本のクマゲラは数が少ない。1981年(昭和56)に新種として発表された沖縄のヤンバルクイナは、その生態がまだよくわかっていない。うつくしい鳴き声のウグイス、カッコウ、ホトトギスもいる。うつくしい姿のツル、シラサギ、カワセミ、ハクチョウ、カモメも各地でみられる。干潟にはシギ、チドリなどの渡り鳥がくる。高知県で飼育されている尾長鶏は、日本でつくりだされたニワトリで特別天然記念物になっている。
植生の豊富さと多様性のため、昆虫やクモも種類が多い。国蝶とされるオオムラサキは、ホタルと同じように数が大幅にへった。

子供の夏の年中行事でもあった昆虫捕りはすたれ、今では幼虫を店で買うことが多くなった。1983年に沖縄で発見されたヤンバルテナガコガネは日本最大の甲虫である。翅を広げると20cm以上にもなる世界最大級の蛾のヨナクニサンは、与那国島が分布の北限である。
近海にすむ魚の種類と数は多い。貝やエビ、カニ類も豊富だが、場所によっては数がへっている。北海道や東北などの川にもどってくるサケ、マスの多くは種苗生産によっており、数がふえてきた。沿岸部では養殖が盛んである。クジラやイルカもいる。北海道から三陸へかけての海岸にはアザラシやトドなどの海獣がやってくる。択捉島など北方領土に生息するラッコが北海道沿岸でみられる。淡水魚の種類も多いが、アユのほとんどは種苗生産した稚魚を放流したものである。 "日本" MicrosoftR EncartaR