La première église était divisée en deux nefs d’inégales largeur : la nef sud servaient aux prédications, la nef Nord était occupé par les religieux. Entre 1244 et 1253 on ajouta la partie basse du chevet. Ce dernier était majestueux et contrastait avec la sobriété de la première église. En 1369 le corps de saint Thomas d’Aquin fut transféré dans ce lieu. En 1385 l’église fut complètement terminée.

Contre l’église se dresse le clocher achevé en 1298. Il est couronné d’une arcature à colonnettes et chapiteaux de marbre. Le cloitre a été construit de 1307 à 1310. La salle capitulaire fut quant à elle terminée en 1301. Elle est couverte de 6 voutes sur croisée d’ogives.