La flora y fauna del país son similares a las de sus vecinos. La vegetación se caracteriza por los montes bajos (algarrobos y espinillos), las praderas de gramíneas y las especies boscosas de madera dura, como el quebracho colorado, la palmera, el guayacán y el timbó. La Región Oriental, caracterizada por sus elevadas precipitaciones, presenta las mayores superficies arboladas y está cubierta por densos bosques con predominio de especies de hoja perenne, entremezclados con una amplia variedad de pastos tropicales, helechos, palmas (véase Palmáceas), plantas acuáticas como el nenúfar (véase Victoria amazónica) y flores exóticas como la brunfelsia, denominada jazmín del Paraguay. En la región del Gran Chaco la vegetación es comparativamente escasa, aunque destaca el quebracho colorado, árbol de madera dura que es una rica fuente de tanino para curtir pieles. Las llanuras están cubiertas por gruesos carrizos tropicales, pastizales y árboles poco desarrollados.

La fauna engloba especies como el armadillo, el capibara, el tapir, la vizcacha, el ciervo de las pampas, el yacaré o caimán de hocico ancho, el agutí, el guanaco, el grisón y varias especies de serpientes. Entre las aves locales se encuentran el papagayo, el tucán, el águila monera, el cisne de cuello negro, el hornero de copete, el ibis, la garza, el loro, el ñandú y el perico; muchas de estas aves tienen plumajes muy hermosos y llamativos. En 2004 había un total de 50 especies amenazadas.

Aunque el 45,4% (2005) de Paraguay son bosques, existe una gran presión por limpiar el terreno para uso agrícola, lo que ha conducido a la destrucción de grandes zonas de bosque virgen. Los bosques también proporcionan al país leña y madera para la exportación, y son fuente de tanino. En el periodo 1990–2005 se destruyó anualmente el 0,85% de los bosques del país.