Nach der Niederlage bei Mohács kam es für einen Zeitraum von etwa 150 Jahren zu schweren Konflikten zwischen den habsburgischen Kaisern des Heiligen Römischen Reiches, die den Westteil des zerstörten Königreiches an sich brachten, den Osmanen, die die Oberherrschaft über den zentralen Teil des Landes hatten, und Gruppen ungarischer Adliger, insbesondere aus Siebenbürgen.

Im Verlauf des Kampfes um die Vorherrschaft in Ungarn wurde Siebenbürgen zum Mittelpunkt der Magyarenbewegung gegen die osmanische und österreichisch-habsburgische Oberhoheit. Während der Reformation hatten sich die Magyaren von der katholischen Kirche abgewandt, wodurch sie die Feindschaft mit den Habsburgern und deren päpstlichen Verbündeten noch vertieften. Zwischen der Mitte des 16. Jahrhunderts und dem Beginn der Gegenreformation spitzten sich die Auseinandersetzungen zwischen den protestantischen Magyaren und den katholischen Habsburgern immer mehr zu. Nach dem Ende des Langen Krieges (1593-1606) musste Kaiser Rudolf II. den Magyaren in Siebenbürgen politische und religiöse Selbständigkeit, eine Gebietserweiterung sowie weitere Zugeständnisse gewähren.

Die Siebenbürger kämpften im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) unter Gabriel Bethlen von Iktár, Fürst von Siebenbürgen und König von Ungarn, gegen die Habsburger.

Georg I. Rákóczy, der 1631 Bethlens Nachfolge als Fürst von Siebenbürgen antrat, nahm den Kampf gegen die Vorherrschaft der Habsburger im Westen Ungarns wieder auf. Mit seinen Verbündeten Schweden und Frankreich marschierte Rákóczy 1644 auf österreichischem Gebiet ein. Kaiser Ferdinand III. musste viele von Rákóczys Forderungen erfüllen, einschließlich der Ausweitung vollständiger Religionsfreiheit auf alle Ungarn unter der Herrschaft der Habsburger. In der Folgezeit dehnten die Türken ihren Einflussbereich auf Siebenbürgen aus. Zur gleichen Zeit wurden viele Menschen im habsburgischen Teil Ungarns wieder zum römisch-katholischen Glauben bekehrt. Durch den Einfluss der Kirche gaben diese Bevölkerungsteile den Kampf gegen die Vorherrschaft der Habsburger auf. Es kam zu immer stärkeren Repressionen gegen die protestantische Bevölkerung. Diese Verfolgungen lösten eine neue Revolutionswelle in den ungarischen Herrschaftsgebieten Habsburgs aus.

Leopold I

Unter Graf Imre Thököly errangen die Aufständischen eine Reihe von Siegen über die Truppen von Kaiser Leopold I. Thököly erhielt 1682 die militärische Unterstützung der Osmanen. Doch im darauf folgenden Krieg konnten die Truppen des Kaisers die Osmanen aus fast allen Teilen Ungarns vertreiben. Kurz darauf brachen die aufständischen Truppen Thökölys auseinander.

Leopold führte harte Vergeltungsmaßnahmen gegen die Führer der Aufständischen durch. Außerdem zwang er den ungarischen Reichstag dazu, die ungarische Monarchie für alle Zeiten zu einer Erbmonarchie des Hauses Habsburg zu erklären. Die Bestimmungen des Friedensvertrages von Karlowitz aus dem Jahr 1699 sahen vor, dass die Osmanen nur das ungarische Banat erhielten, eine Region, die sie 19 Jahre später wieder verlieren sollten. Der Vertrag von Karlowitz sicherte den Habsburgern auch die Herrschaft über Siebenbürgen. "Ungarn," Microsoft® Encarta