Nel 1997 migliaia di haitiani, ma anche dominicani privi di documenti e considerati perciò clandestini, furono espulsi dal paese. Nonostante le proteste di Haiti, nel 1999 le autorità dominicane espulsero altre migliaia di persone.

Nelle elezioni del 1998 il PRD conquistò la maggioranza assoluta dei seggi del Parlamento, condizionando fortemente l’operato del governo. Nel settembre dello stesso anno un ciclone causò la morte di centinaia di persone e distrusse migliaia di abitazioni, pregiudicando la situazione economica del paese. Fernández avviò un vasto programma di privatizzazioni, cedendo molti stabilimenti industriali (in particolare zuccherifici) e l’azienda elettrica statale. L’aumento indiscriminato del costo della vita e delle tariffe, i severi tagli alle spese sociali e i numerosi casi di corruzione provocarono un diffuso malcontento.

Nelle elezioni del maggio 2000 il candidato del PLD venne sonoramente battuto da Hipólito Mejía Domínguez del PRD; alle elezioni partecipò anche Balaguer, cieco e malato, che ottenne un quarto dei suffragi.

Tra il novembre del 2001 e il luglio del 2002 scomparvero le due figure più rappresentative della recente storia del paese: Juan Bosch, il primo presidente eletto democraticamente, e Joaquín Balaguer.

Tra la fine del 2002 e gli inizi del 2003 il paese fu attraversato da una violenta protesta contro l’impennata dei prezzi, i disservizi nella distribuzione dell’energia elettrica e la diffusa corruzione del sistema politico. Gravi ripercussioni sulla vita politica furono causate dal fallimento della seconda banca del paese, Baninter, e dall’arresto del suo direttore,

grande finanziatore dei partiti dominicani, accusato di riciclaggio di denaro sporco e di frode. Il governo dominicano appoggiò l’intervento statunitense in Iraq, provocando profonde fratture all’interno del PRD e le dimissioni del ministro degli Esteri.

Nelle elezioni presidenziali del maggio 2004 Hipólito Mejía Domínguez, candidatosi contro il volere del suo stesso partito, fu sonoramente sconfitto da Leonel Fernández Reyna del Partito della liberazione. Il PLD si aggiudicò anche le elezioni legislative del maggio 2006, conquistando la maggioranza assoluta in entrambi i rami del Parlamento. Nel maggio 2008 Leonel Fernández Reyna è confermato alla presidenza del paese con il 54% dei voti.