Nel 1055 Baghdad fu conquistata dai turchi selgiuchidi di Togrul Beg. I sultani selgiuchidi, regnando dalla capitale Esfahan, diedero vita a una ricca classe di proprietari terrieri che, alla dissoluzione della dinastia (1119), si organizzarono in piccoli potentati locali. Così indebolita, la regione iranica nel 1220 subì la prima invasione mongola e venne messa a ferro e fuoco dalle orde di Gengis Khan; nel 1256 una seconda ondata di invasioni portò all’incorporazione dell’Iran nell’impero mongolo. Tamerlano fu protagonista di una nuova invasione nel 1393. I suoi discendenti, i timuridi, fallirono nel tentativo di tenere uniti Iran e Azerbaigian, che cadde sotto il dominio dei turcomanni dopo il 1400. Nel 1501 gli sciiti iranici si sollevarono contro le dominazioni straniere sotto la guida dello sceicco Ismail I, che affermava una discendenza da Alì, quarto califfo e genero del Profeta. Autoproclamatosi scià, fondò la dinastia regnante dei Safavidi (1502-1736) imponendo la dottrina sciita come religione ufficiale dell’Iran.

Riconosciuto dai suoi sudditi e fedeli come imam (massima autorità religiosa e politica), Ismail regnò sull’Iran, l’Azerbaigian, l’Armenia, il Kurdistan e alcune zone dell’Afghanistan. I suoi eserciti invasero vaste regioni dell’Iraq e della Turchia, Baghdad compresa; la città fu tuttavia persa dai suoi successori nel 1534, a favore di Solimano I il Magnifico. Quando salì al potere nel 1588, lo scià Abbas I (il più grande dei sovrani safavidi) riconquistò tutti i territori persi dai predecessori a vantaggio dei turchi; scelse Esfahan come capitale, riformò la burocrazia e l’economia, e aprì il regno alla penetrazione della Compagnia britannica delle Indie Orientali. Nei secoli che seguirono l’Iran si avviò progressivamente verso il declino, fino a essere conquistato nel 1722 dall’esercito ribelle afghano guidato da Mir Mahmud, che rovesciò i sovrani safavidi.