Quando vi giunsero gli europei, l’isola era abitata dai ciboney, una tribù pacifica appartenente al gruppo degli arawak. La colonizzazione spagnola ebbe inizio nel 1511, quando vi sbarcarono i soldati agli ordini di Diego Velázquez; questi, nominato governatore, fondò Baracoa e in seguito altri centri, tra cui Santiago di Cuba (1514) e l’Avana (1515).

La durezza della dominazione spagnola causò nell’arco di pochi anni lo sterminio degli indigeni e già nel 1526 venne avviata l’importazione di schiavi africani per il lavoro nelle miniere e nelle piantagioni di tabacco e di canna da zucchero. Cuba diventò uno scalo di rifornimento per le spedizioni spagnole verso il Messico e la Florida e poi un importante nodo commerciale tra le colonie e la metropoli. Malgrado le frequenti incursioni dei bucanieri e i contrasti tra la Spagna e le altre potenze europee per il controllo delle rotte commerciali, l’isola conobbe un periodo di prosperità per tutto il XVI e il XVII secolo.

Dopo la guerra dei Sette anni (1756-1763), durante la quale gli inglesi occuparono per più di un anno L’Avana, il governo spagnolo favorì un ulteriore sviluppo dell’agricoltura e dei commerci, che beneficiarono della creazione di nuovi porti. Tra il 1774 e il 1817 il paese conobbe un forte incremento demografico e i prodotti agricoli cubani si affermarono massicciamente sui mercati europei anche grazie all’instabilità in cui piombò in quegli anni Hispaniola, soprattutto dopo la rivolta anticolonialista ad Haiti.

Agli inizi del XIX secolo, con l’inizio delle lotte d’indipendenza delle colonie spagnole latinoamericane, anche a Cuba andò crescendo il fermento nazionalista. Nel 1812 la Spagna concesse a Cuba alcune libertà politiche e nel 1818 rimosse ogni limite ai suoi commerci.