Con la Costituzione del 2002, rivolta ad attenuare le tensioni separatiste, le isole dell’arcipelago compongono una federazione e godono di un’ampia autonomia. La presidenza è assegnata a rotazione a ciascuna delle tre isole principali; il presidente viene quindi eletto ogni quattro anni tra una terna di candidati proposta da Grande Comore, Mohéli e Anjouan.

Il potere esecutivo compete a un primo ministro e a un governo nominati dal presidente. Il potere legislativo è affidato a un’Assemblea federale composta da 33 membri che restano in carica cinque anni; di questi, quindici sono eletti dai parlamenti insulari. Il sistema giudiziario si basa sul codice civile francese e sulla legge islamica. È in vigore la pena di morte.

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