Le 19 janvier 1899 est instauré un condominium anglo-égyptien sur le Soudan. En réalité, le Royaume-Uni apparaît comme le véritable maître du pays, établissant dans le Nord une organisation administrative efficace, et favorisant le développement économique de la colonie, notamment par l’irrigation de la Gézireh. La mainmise britannique est bien plus ténue dans le Sud, placé sous l’autorité d’une poignée de fonctionnaires coloniaux, les « barons du marais » et sous l’influence des missionnaires chrétiens, autorisés par le gouvernement britannique à évangéliser les populations nilotiques. Les Français tentent également de s’établir dans cette région : l’expédition menée par Marchand à Fachoda manque de provoquer un affrontement direct entre les deux puissances coloniales occidentales. Kitchener contraint les Français à se retirer en échange de l’abandon de leurs prétentions sur le Sahara. La pacification du Soudan a été difficile et n’est réellement achevée qu’en 1916, après l’assassinat du sultan du Darfour par des agents anglais.