Fujimori, der die Wahlen vor allem dank der Unterstützung durch die ländlichen, amen Bevölkerungsschichten gewonnen hatte, verhängte ein hartes Sparprogramm, um der starken Inflation zu begegnen und Perus Kreditwürdigkeit auf dem internationalen Geldmarkt wieder herzustellen; die katastrophale wirtschaftliche Lage verbesserte sich jedoch nicht. Erschwert wurde die innenpolitische Lage durch eine Eskalation der Gewalt seitens des Sendero Luminoso und der Bewegung Túpac Amaru. Im April 1992 setzte Fujimori Teile der Verfassung außer Kraft, löste das Parlament auf und übernahm nahezu diktatorische Vollmachten, mit der Begründung, Parlament und Justiz hätten seine Bemühungen um die Bekämpfung des Drogenhandels und der Guerilla blockiert. Im September wurden mehrere Schlüsselfiguren des Sendero Luminoso festgenommen, und aufgrund massiven Gewalteinsatzes gegen die Guerilla schien der Sendero Luminoso gegen Ende von Fujimoris Regierung weitgehend besiegt.

Bei den gleichzeitig abgehaltenen Präsidentschaftswahlen erreichte kein Bewerber die absolute Mehrheit; aus dem zweiten Wahlgang am 3. Juni ging Alejandro Toledo als Sieger hervor. Am 28. Juli wurden Toledo und die Mitglieder der neuen, parteiübergreifenden Regierung vereidigt.

Hauptanliegen der Regierung Toledo waren die Bekämpfung von Arbeitslosigkeit und Armut, die Rückkehr zu demokratischen Verhältnissen nach dem autoritären Fujimori-Regime, außerdem eine Dezentralisierung des stark auf die Hauptstadt Lima ausgerichteten Staates. Letztere sollte nicht nur die Bürgernähe der Verwaltung verbessern, sondern vor allem die Wirtschaft in den Regionen fördern. 2003 wurden die von der Zentralregierung eingesetzten Verwaltungen in den Regionen durch gewählte Regionalparlamente und -regierungen ersetzt und den Regionen ein hohes Maß an Autonomie eingeräumt. Die Erfolge im Kampf gegen Unterbeschäftigung und Armut blieben dagegen weit hinter den Wahlkampfversprechungen zurück, was auch daran lag, dass die Regierung mangels Mehrheit im Parlament ihre Maßnahmen nur mit Abstrichen durchsetzen konnte und dass weiterhin grassierende Misswirtschat und Korruption die positiven Ansätze – Peru hatte seit 2002 ein stetiges Wirtschaftswachstum zu verzeichnen – oft wieder zunichtemachte. Toledo erlitt einen rapiden Popularitätsverlust, es kam immer wieder zu Massenprotesten gegen die Wirtschaftspolitik Toledos, zu Regierungskrisen und Regierungsumbildungen, und es wurde mehrmals der Ausnahmezustand verhängt.

diese Tragödie an der armen, ungebildeten indigenen Landbevölkerung vom Rest der Bevölkerung so gut wie nicht wahrgenommen wurde, offenbarte laut Urteil der Kommission eine starke Verachtung für die Indios sowohl von Seiten der Staatsmacht als auch von Seiten der linken Rebellen. Gute Fortschritte machte ebenfalls die juristische Aufarbeitung des Fujimori-Regimes: Gegen mehr als 1 500 Personen aus dem Netzwerk um Fujimori und seinen engsten Mitarbeiter Montesinos wurden Anklagen erhoben. Fujimori wurde 2007 wegen Amtsmissbrauchs zu einer Haftstrafe von sechs Jahren verurteilt, 2009 zudem zu einer 25-jährigen Haftstrafe wegen des Einsatzes von Todesschwadronen im Antiterrorkampf gegen Sendero luminoso.

Aus den Parlamentswahlen am 9. April 2006 ging die linksnationalistische UPP mit 45 Sitzen als stärkste Kraft hervor, gefolgt von der APRA mit 36 Sitzen und dem Mitte-rechts-Bündnis Unidad Nacional mit 17 Sitzen. Toledos PP errang lediglich zwei Mandate. Den gleichzeitig abgehaltenen ersten Wahlgang der Präsidentschaftswahlen gewann der UPP-Kandidat Ollanta Humala vor dem APRA-Vertreter, dem früheren Präsidenten Alan García. Die Stichwahl am 5. Juni dagegen gewann García mit knapp 55 Prozent der Stimmen, nicht zuletzt weil ihn am Ende das gesamte bürgerliche Lager unterstützte, um einen möglicherweise unberechenbaren linkspopulistischen Präsidenten Humala und eine potentielle Einflussnahme des venezolanischen Präsidenten Hugo Chávez, der im Wahlkampf für Humala eingetreten war, zu verhindern. Peru," Microsoft® Encarta