Malgré la poursuite des hostilités entre extrémistes hutu et tutsi, un gouvernement de transition est mis en place en novembre 2001, conformément à l’accord d’Arusha. Ce gouvernement d’union nationale partage équitablement le pouvoir entre la majorité hutu et la minorité tutsi. Pierre Buyoya, Tutsi, continue d’assumer les fonctions de président pendant dix-huit mois tandis que Domitien Ndayizeye, secrétaire général du principal parti hutu, le Front pour la démocratie au Burundi (Frodebu), devient vice-président.

Tandis que les combats continuent et que les négociations de paix sont dans l’impasse, la transition politique se poursuit en avril 2003 avec le transfert de pouvoir prévu par l’accord d’Arusha : le président Pierre Buyoya cède la place au vice-président Domitien Ndayizeye, pour la deuxième phase transitoire de dix-huit mois —  le Tutsi Alphonse-Marie Kadégé occupe le poste de vice-président. Les négociations de paix menées sous médiation sud-africaine aboutissent le 16 novembre 2003 à la signature d’un accord de paix global, politique et militaire, entre le gouvernement burundais et le principal mouvement rebelle hutu, les Forces pour la défense de la démocratie (FDD) de Pierre Nkurunziza. Cet accord prévoit notamment l’entrée de membres des FDD dans le gouvernement.

on exécution s’accompagne de la création, en mai 2004, de l’Opération des Nations unies au Burundi (ONUB), chargée de soutenir le processus de paix et de réconciliation nationale. La signature d’un accord de partage du pouvoir entre Hutu et Tutsi, en août 2004, marque une autre étape importante dans le processus de transition.

Prévoyant une représentation équilibrée entre les deux principales ethnies du pays dans les futures institutions de l’État, cet accord ouvre la voie à l’après-transition au Burundi. Le même mois, cependant, le pays est le théâtre d’un massacre perpétré dans le camp de réfugiés de Gatumba, près de la frontière avec la République démocratique du Congo (RDC) : 159 réfugiés congolais tutsi (des Banyamulenge) sont massacrés lors d’une attaque revendiquée par les Forces nationales de libération (FNL), le dernier mouvement rebelle hutu burundais qui n’a pas rendu les armes et qui sévit encore autour de la capitale Bujumbura.

Le processus de paix et de transition vers la démocratie se concrétise en 2005 par l’adoption d’une nouvelle Constitution (approuvée par référendum au mois de février), qui stipule une répartition plus équitable du pouvoir entre Hutu et Tutsi, et par la tenue d’une série d’élections. Ces scrutins (communaux, législatifs et sénatoriaux) se déroulent dans un calme relatif, sous le contrôle de l’ONUB, et en dépit des attaques perpétrées par les FNL.

Président burundais