Los políticos malayos a veces se han visto acosados por enfrentamientos étnicos que en la década de 1960 se basaban en cuestiones lingüísticas y en las oportunidades educativas. En las elecciones generales de 1969, la Alianza se encontró con la oposición tanto de los partidos malayos como de los no malayos. Inmediatamente después surgieron serios altercados en Kuala Lumpur y murieron al menos 200 personas. Se recurrió a los poderes de emergencia, se impusieron restricciones sobre cuestiones étnicas y el parlamento no se volvió a reunir hasta 1971. Tun Abdul Razak, el nuevo primer ministro, anunció la Nueva Política Económica (NPE), que buscaba aliviar la pobreza en general, y en concreto, mejorar la posición de los malayos al aumentar su participación en la riqueza del país y el porcentaje de empleo y la propiedad en sectores donde predominaban los no malayos.

También amplió la coalición gobernante de la Alianza (que ya se había extendido para integrar algunos partidos en Sarawak y Sabah), al Frente Nacional. El Frente venció en las decisivas elecciones de 1974 y también, bajo el primer ministro Datuk Hussein Onn, las de 1978. Sin embargo, la escena política todavía estaba dominada por las diferencias étnicas y al Frente Nacional se le oponían dos grandes partidos: el partido Islámico Panmalayo, que abandonó el Frente Nacional en 1977 y que daba cada vez más importancia a las cuestiones religiosas, y el partido de Acción Democrática.

Cuando en 1981 se retiró Hussein Onn, le sucedió Mahatir bin Mohamed. Un conflicto constitucional en 1983 entre el gobierno de Mahatir y los sultanes hereditarios llevó a un compromiso que restringía el poder del Yang di-Pertuan Agong y el Consejo de Gobernantes para vetar las leyes. En 1987 el gobierno de Mahatir respondió a la amenaza de crear tensiones entre malayos y chinos, al arrestar a los dirigentes de la oposición y suspender cuatro periódicos. Las elecciones de 1990 mantuvieron al Frente Nacional en el poder al obtener una mayoría parlamentaria suficiente. En 1993 Mahatir se vio envuelto en otro altercado con los mandatarios hereditarios que finalmente llevó a la supresión de la inmunidad en los juicios de éstos. A finales de la década de 1980 y comienzos de 1990 aparecieron serias desavenencias entre el gobierno federal, y Sabah y Sarawak, que se manifestaron en el triunfo de los partidos de la oposición para gobernar estos estados.

Había fuertes resentimientos, sobre todo entre los grupos étnicos como los dayaks, que protestaban por el retraso económico de los dos estados en comparación con el desarrollo de Malaysia y su industrialización en las décadas de 1970 y 1980, a pesar de que había sido su petróleo, gas natural y su madera los que habían proporcionado una gran parte de los ingresos por exportaciones para poder financiar esa transformación. En Sarawak, los grupos dyak se opusieron a la rápida expansión de la obtención de madera. También se temía que la mayoría malayo-musulmana de la península quisiera extender las leyes y práctica islámicas a los dos estados, a costa de las religiones y costumbres tradicionales vigentes en sus territorios; los temores eran más fuertes en Sabah, donde el grupo étnico mayoritario, los kadayan, es cristiano. En 1985 Sabah se convirtió en el primer estado en elegir a un partido que no pertenecía al Frente Nacional para el gobierno estatal; en 1993 impuso controles de aduanas para los malayos que viajaran desde la península y al inicio de la década de 1990 parecía que estaba considerando el separarse de la Federación. "Malaysia" Enciclopedia Microsoft® Encarta® Online 2009
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