No existen corrientes de agua superficial, todas son subterráneas: el agua de lluvia se infiltra y origina cenotes, unos agujeros circulares formados por el hundimiento de los techos de las grutas que ponen al descubierto las aguas subterráneas; también existen dolinas, unos hundimientos en los que no aflora el manto freático, por lo que su fondo se va rellenando con arcillas, y donde, durante la época de lluvias, se acumula temporalmente el agua y cambian su nombre por el de aguadas. Su costa es baja, y presenta un litoral arenoso, amplio y de dunas elevadas. Entre el cordón litoral septentrional y la tierra firme existe una penilaguna de aguas salobres, en la que destaca por su extensión la zona conocida como estero de Río Lagartos. Al norte y noroeste de Progreso, en las aguas del Golfo y lejanos a la costa varias decenas de kilómetros, se localizan unos islotes estériles y semidesiertos: cayo Arenas y el arrecife de los Alacranes, formados por bancos de coral.
Presenta dos variantes del clima cálido: semiseco a lo largo del litoral y subhúmedo con lluvias en verano en el resto del territorio (85%). Existen varios tipos de vegetación: selva tropical (especies arbóreas: zapote, ramón, huaya, chakté, pukté y chechem negro), matorral con predominio de cactáceas (cactos, nopales y agaves), pastizal inundable (carrizo, saibal o sibal y tule) y manglares costeros (los llamados petenes). Entre la fauna característica podemos encontrar especies como flamencos, con sus numerosas colonias que pintan de rosa el paisaje costero de Celestún, venados de cola blanca, lagartos, monos araña, triguillos, osos hormigueros, faisanes o el imponente jaguar; aves migratorias y nativas como pelícanos, garzas, gaviotas y golondrinas marinas, patos, jabirús y cormoranes; y especies marinas como meros, huachinangos, langostas, camarones y pulpos.

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