Después de la dimisión de Gordon se produjo un estado de anarquía que culminó en 1882 en una revolución dirigida por Muhammad Ahmad, que poco antes, alrededor de 1880, se había autoproclamado como Mahdí, es decir, la persona que según la tradición musulmana liberaría al mundo del diablo. Los rebeldes aniquilaron un ejército egipcio en noviembre de 1883, tomaron Jartum en enero de 1885, muriendo el propio Gordon y haciéndose con el control absoluto de la provincia.

Bajo el gobierno del Mahdí las condiciones de vida empeoraron, al igual que con su sucesor desde 1885, el califa Abdallah al-Taaishi. Este llevó a cabo numerosas guerras contra los pueblos nilóticos del sur, consiguiendo ocupar grandes áreas del Sudán egipcio; en 1889 intentó sin éxito conquistar Egipto. Durante los últimos años del reinado del califa el caos económico y social hundió al Sudán; mientras tanto, Egipto había pasado en la práctica a ser una posesión británica.