ピューリタン支配に反旗をひるがえした者の中にはロジャー・ウィリアムズがおり、1636年、現在のロードアイランド州のプロビデンスに共同体を建設する。多くの教派の人々をひきつけ、彼は39年に合衆国最初のバプティスト教会をつくった。
バージニア州、ノースカロライナ州、サウスカロライナ州、ジョージア州など大西洋岸南部では英国国教会が強く、バプティストや長老派教会は伝道を禁じられていた。

大西洋岸中部では信仰の自由が大幅にみとめられていた。ここへ最初に入植したオランダ人は、1613年ごろハドソン川沿いに交易所をつくり、この地を25年にニューネーデルランド植民地と名づけ、改革派教会をたてた。その中心のニューアムステルダムには、54年にユダヤ人が集団入植している。64年、イギリスがニューネーデルランドを獲得すると英国国教会が強くなり、ニューヨーク州は英国国教会地域となった。しかし、デラウェア州とニュージャージー州は政教分離をすすめた。

メリーランド州はローマ・カトリック教徒のイギリス人カルバート一族にあたえられ、1634年になって入植がすすめられたが、英国国教会との共存がすすみ、のちには英国国教会が支配的となった。イギリスのクエーカー教徒ウィリアム・ペンはペンシルベニア植民地をあたえられたが、彼はすべての宗派に門戸を開いた。

ルター派教会はペンシルベニア州、ニューヨーク州、デラウェア州に教会をたてる。17世紀後半から18世紀にかけて、スコットランドやアイルランドから長老派教会が大西洋岸中部に入植した。18世紀後半にはニューヨークを中心にメソディスト教会が定着する
18世紀半ば、「大覚醒(だいかくせい)」とよばれる信仰復興運動(リバイバル)がおき、信仰の自由がすすんだ。福音主義の牧師の教えに感激したニューイングランドの会衆派教会牧師ジョナサン・エドワーズ、大西洋岸中部の長老派教会牧師ギルバート・テネント、あるいはイギリスの福音主義者ジョージ・ホワイトフィールドらが中心となり、信仰の主体性を強調することで、世俗化したピューリタニズムを復興した。その結果、運動はすべての植民地に広がり、とくにメソディスト教会とバプティスト教会がのびたうえ、政教分離が定着する。
1788年の合衆国憲法において政教分離がさだめられ、その後各州は教会中心の政治のあり方を徐々にかえていく。最後に政教分離をきめたのはマサチューセッツ州で、1833年であった。
19世紀前半、合衆国では圧倒的にプロテスタント人口が多かった。カトリック教徒やユダヤ教徒は少しいたが、イスラム教徒や仏教徒はほとんどみられなかった。合衆国におけるローマ・カトリック教会の最初の大司教はボルティモアのジョン・カロルで、1820年ごろからアイルランド移民がふえるにつれてカトリック教徒が増加した。45〜55年のアイルランド大飢饉(ききん)の際には、100万人以上のアイルランド移民が流入したのである。また、ドイツのルター派教会の信徒たちが、48年の革命に失敗したあと合衆国へ移民してきた。19世紀後半には南・東ヨーロッパ、とくにイタリア、オーストリア、ハンガリー、ロシアからの移民が入り、カトリック教徒とユダヤ教徒がふえた。
19世紀には、アメリカ生まれの新しい宗派がくわわるようになった。モルモン教として知られる末日聖徒イエス・キリスト教会、セブンスデー・アドベンティスト教団(アドベンティスト)、エホバの証人(ものみの塔)などである。
20世紀初頭の20年間は、ヨーロッパから多くのユダヤ教徒とローマ・カトリック教徒が移住してきた。1921年、連邦議会は南、中央、東ヨーロッパからの移民を大きく制限したので、その後しばらくは宗教構成が安定した。
今日の合衆国はキリスト教が中心だが、ほかの宗教も多くみられ、多様性にとんでいる。さまざまな宗派をもつプロテスタント(→ プロテスタンティズム)が55%を占めるが、1つの宗教グループとしてはローマ・カトリックが最大で、総人口の28%を占めている。プロテスタント各派の中では、バプティスト(19.4%)、メソディスト(8%)、長老派教会(2.8%)などが多い。東方正教会も大きな存在である。キリスト教以外ではユダヤ教(2%)が多く、イスラム教、仏教、ヒンドゥー教がそれにつづく。
地域的にみると、ローマ・カトリックは東部と中西部、とくに都市部に多い。バプティストは南部、とくに農村部に多い。メソディストは東部、中西部、南部にみられ、半数以上が農村部である。ルター派の中心は中西部の農村部で、ユダヤ教徒は東部に多く、その半分は大都市にすむ。長老派教会は国内各地にみられるが、農村部が中心である。モルモン教徒はユタ州とアイダホ州に集中している。

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