Son principal dirigeant, l’arrière-petit-fils du Mahdi, Sadek al-Mahdi, accède aux fonctions de Premier ministre. La poursuite de la guerre civile, la situation catastrophique provoquée par les inondations et la famine de 1988 conduisent à un nouveau coup d’État militaire, en 1989, mené par le général Omar al-Bachir, qui est élu en 1996, puis réélu en 2000, président de la République.

Le conflit civil dans le Sud, né en 1983, prend fin le 9 janvier 2005 avec la signature d’un accord de paix entre le régime soudanais et les rebelles de l’Armée populaire de libération du Soudan (SPLA). Pour la première fois dans l’histoire du pays, un gouvernement d’union nationale est formé le 20 septembre 2005. Une Constitution provisoire, signée par le président al-Bachir le 9 juillet 2005, doit régir le pays pendant une période transitoire de six ans.