La población de Egipto se había helenizado bajo los Tolomeos, y comprendía grandes minorías de griegos y judíos, así como otros pueblos de Asia Menor. La lengua copta comenzó a desarrollarse independiente de la egipcia en esta época, bajo la influencia griega y de otras lenguas semíticas. La mezcla de las culturas no supuso una sociedad homogénea, y eran frecuentes los enfrentamientos entre los distintos grupos. Sin embargo, en el 212 d.C., el emperador Caracalla otorgó la ciudadanía a toda la población en el Imperio romano. Alejandría, la ciudad portuaria a orillas del mar Mediterráneo fundada por Alejandro Magno, siguió siendo la capital del mismo modo que había sido bajo los Tolomeos. Convertida en una de las grandes metrópolis del Imperio romano, fue un próspero centro comercial entre India, la península Arábiga y los países del Mediterráneo.

Fue la sede de la gran Biblioteca y Museo de Alejandría y tuvo una población de unos 300.000 habitantes (sin contar a los esclavos).

Egipto se convirtió en un pilar económico del Imperio romano, no sólo a causa de su producción de cereales, sino también por sus vidrios, metales y otros productos manufacturados. Además, aglutinó el comercio de especias, perfumes, piedras preciosas y metales procedentes de los puertos del mar Rojo.

Con la finalidad de controlar la población y limitar el poder de los sacerdotes, los emperadores romanos protegieron la religión tradicional, terminaron o embellecieron los templos comenzados bajo los Tolomeos e inscribieron sus propios nombres en ellos siguiendo las costumbres faraónicas en Isna, Kawn Umbu, Dandarah y Philae. Los cultos egipcios a Isis y Serapis se extendieron por todo el mundo grecorromano. Egipto fue también un centro importante del primer cristianismo, a través de la vida monástica. La Iglesia copta, que se adhirió al monofisismo, se separó de la corriente principal del cristianismo en el siglo V. Durante el siglo VII, el poder del Imperio bizantino fue desafiado por la dinastía de los sasánidas de Persia, que invadió Egipto en el 616. Fueron expulsados de nuevo en el 628, pero poco después, en el 642, el país cayó bajo el dominio de los árabes, que trajeron una nueva religión, el islam, e inauguraron un nuevo capítulo de la historia egipcia.