Alfons III veroverde in 1249 de laatste bolwerken van de Moren in Algarve, waarmee Portugal de huidige grenzen kreeg. Alfons’ zoon Dinis I (1279–1325) bracht het land rust, orde en welvaart. Zijn zoon Alfons IV nam deel aan de vermaarde expeditie tegen de Moren in Andalusië (1340, Slag aan de Salado).

Voor enige leden van de hoge adel en vooral voor de hoofdstedelijke burgerij was aansluiting bij Castilië onaanvaardbaar. Zodoende werd Johan I, meester van de Orde van Avis en onwettig zoon van Peter I, tot koning van Portugal uitgeroepen (1385). In hetzelfde jaar werd de onafhankelijkheid van het land door de Slag van Aljubarrota tegen de Castilianen bevestigd. Johan I omringde zich met een staf van bekwame medewerkers en moderniseerde het rijk. Steunend op de burgerij, centraliseerde hij de macht, creëerde een nieuwe adel en bevorderde de politieke zeggenschap van de gilden in de steden. Zijn zoon Hendrik de Zeevaarder (1394–1460) heeft de grondslag gelegd voor het Portugese overzeese imperium. Bij zijn dood waren Madeira en de Azoren al ontdekt (1424 resp. 1431–1432) en waren de Portugezen in Afrika al tot Sierra Leone doorgedrongen. Portugal was de voornaamste maritieme mogendheid van Europa geworden.

Johan II (1481–1495) was energiek en bekwaam; hij beknotte hardhandig de weerbarstige adel, gedroeg zich als een absoluut vorst en bevorderde de ontdekkingen (Bartholomeu Diaz; zie ook ontdekkingsreizen). Zijn opvolger, Emanuel I de Grote (1495–1521), wordt ook wel ‘de Gelukkige’ genoemd; onder zijn regering werd de zeeweg naar Oost-Indië ontdekt (Vasco da Gama, 1498/1499) en Brazilië (Pedro Álvarez Cabral, 1500).

Hij werd meester van een uitgestrekt imperium in het oosten, waarvan de invloedssfeer zich uitstrekte van de Rode Zee tot China, en van uitgestrekte gebieden in Amerika, die ten oosten van de in 1494 te Tordesillas vastgestelde demarcatielijn lagen. Lissabon was tijdens zijn regering de voornaamste haven van Europa en er was een weelderig hof. Tijdens Johan III (1521–1557) kondigden zich de symptomen van het verval aan: de Portugese kroon raakte in de schuld bij buitenlandse bankiers, het platteland raakte ontvolkt; enige forten in Marokko moesten aan de Moren worden prijsgegeven.

Portugal was te klein om een groot imperium in stand te kunnen houden; de veroveringen zogen het land leeg en kwamen slechts ten goede aan weinige families; de overzeese expedities waren een zaak van de kroon en er ontstond, anders dan in Engeland en Nederland, geen commerciële middenklasse die de overzeese bezittingen op doelmatige wijze kon exploiteren; een volksklasse die daartoe in staat zou zijn geweest, was die van de zgn. nieuwe christenen (de afstammelingen van de in 1497 onder dwang gedoopte joden; zie marranen), die door de in 1536 opgerichte inquisitie vervolgd werden. De sociale en economische structuur van het land werd geleidelijk steeds meer archaïsch. Religieus fanatisme en verouderde kruistochtidealen droegen het hunne bij tot het verval: de jeugdige koning Sebastiaan (1557–1578) stierf in 1578 op het slagveld van Ksar-el-Kebir in Marokko; met hem sneuvelden 8000 Portugezen en bijna 15 000 werden gevangen gemaakt, die tegen een hoog losgeld moesten worden vrijgekocht. Hij werd opgevolgd door zijn bejaarde oom Hendrik, de kardinaal, die begin 1580 reeds overleed. Van de hieropvolgende verwarring maakte Filips II (kleinzoon van Emanuel I) gebruik om zijn aanspraken op de Portugese kroon te doen gelden; de hertog van Alva viel het land binnen en de Cortes riepen Filips uit tot koning van Portugal in april 1581. Hiermee kwam feitelijk een eind aan de onafhankelijkheid van Portugal, hoewel het land in naam in het bezit bleef van zijn eigen wetten en administratie. Emmanuel Buchot en Encarta