Entre 1839 e 1851, o país viveu uma guerra civil, causada pelos conflitos entre os dois principais partidos, o Partido Colorado (Vermelho), liberal, e o Partido Blanco (Branco), conservador. Em 1865 o Uruguai envolveu-se numa guerra com o Paraguai, que durou cinco anos.

José Battle Ordóñez, do Partido Colorado, foi eleito presidente em 1903. Os seus programas permitiram uma certa estabilidade social e política até 1929, ano em que morreu. Seguiu-se um período ditatorial mas, em 1951, foi criada uma nova Constituição. Em 1958 os nacionalistas (Brancos) ganharam as eleições, mas o aumento da inflação e da crise económica estimulou a actividade do terrorismo, dando origem a um golpe militar em 1973.

O poder foi tomado pelos rebeldes e as violações dos direitos humanos tornaram-se comuns por parte do governo militar. Em 1985 houve eleições gerais e Julio Maria Sanguinetti, liberal, tornou-se presidente do Uruguai. A prioridade do novo executivo foi libertar todos os presos políticos e restaurar completamente os direitos civis. Todos os partidos passaram a ter representação no governo. Nas eleições seguintes, quatro anos mais tarde, o conservador Luis Lacalle Herrera foi eleito presidente. Em 1994, Julio Maria Sanguinetti regressou ao poder. Nas eleições presidenciais de 1999 foi eleito Jorge Battle, que assumiu o poder a 1 de Março de 2000.