Después del siglo XI, las áreas costeras estuvieron dominadas por comerciantes y pobladores del sur de la península Arábiga. Se establecieron varias ciudades-estado Zenj (denominadas así porque, en árabe, el país se conocía como la tierra de los Zenj o 'población negra'). Los más importantes fueron los de Malindi y Mombasa. Los intermediarios musulmanes fueron capaces de controlar el comercio interior, y sus ciudades se convirtieron en puertos importantes del sistema comercial del océano Índico. Con el tiempo, se formó una cultura mixta a lo largo de la costa, en la que se formó una lengua de carácter híbrido, el swahili, que se convirtió en la lengua de las relaciones comerciales de África oriental.

Por lo general, los estados Zenj estuvieron dominados cada vez más por los poderosos imperios marítimos no africanos. Uno de éstos fue el sultanato de Omán y Muscat, que durante siglos rivalizó con los europeos por la supremacía en la costa de África oriental.