Estado se convirtió en la confirmación del poder civil sobre el militar, cuando Flores destituyó a cuatro altos cargos castrenses para poner fin a una crisis interna en las Fuerzas Armadas. Honduras sufrió como ningún otro país los devastadores efectos del paso del huracán Mitch, que asoló el Caribe y Centroamérica durante los últimos días del mes de octubre y los primeros de noviembre de 1998. Cerca de 6.500 muertos, más de 13.000 desaparecidos y 1.500.000 damnificados, así como cuantiosos daños en las infraestructuras y en la producción agrícola (fue destruido un 70% de los cultivos), industrial y comercial del país fueron las consecuencias inmediatas. A ello hubo que añadir la desaparición de barrios enteros de Tegucigalpa, la capital de la República, y de localidades situadas principalmente en la mitad septentrional del territorio hondureño. El desastre natural vino a sumarse a una ya de por sí frágil situación económica, política y social.
El 7 de febrero de 2000, el gobierno de Flores llegó a un compromiso con el presidente nicaragüense, Arnoldo Alemán, para la creación de una zona de distensión militar en el mar Caribe hasta que el Tribunal Internacional de Justicia de Naciones Unidas, con sede en La Haya, realizara un dictamen sobre el litigio territorial que enfrentaba a los dos países centroamericanos.
En las elecciones presidenciales celebradas el 25 de noviembre de 2001 el candidato del Partido Nacional, Ricardo Maduro, derrotó al presentado por el Partido Liberal, Rafael Pineda. Asimismo, el Partido Nacional también ganó los comicios legislativos que tuvieron lugar ese mismo día, al lograr 61 escaños en el Congreso Nacional (por 55 que obtuvieron los liberales). Maduro sucedió a Flores en la jefatura del Estado el 27 de enero de 2002.
El mismo día del traspaso de poderes presidenciales, Honduras restableció sus relaciones bilaterales con Cuba, después de 41 años de ruptura diplomática. En la agenda política del nuevo presidente, la lucha contra la delincuencia ocupó un primer plano. En otro orden de cosas, Honduras anunció, en abril de 2004, la retirada inmediata del contingente que había enviado un año antes a Irak en el marco de la coalición liderada por Estados Unidos. También en lo referente a la política exterior, cabe destacar que el Congreso Nacional aprobó el llamado Tratado de Libre Comercio de América Central (TLC o CAFTA, sus siglas en inglés) con Estados Unidos, el 3 de marzo de 2005. Honduras se convertía así en el segundo país centroamericano, tras El Salvador, que ratificaba dicho acuerdo comercial entre Estados Unidos y los países centroamericanos, incluida la República Dominicana. La entrada en vigor del tratado se produciría cuando todos los países firmantes lo sancionaran.