Les pasteurs tutsi s’installent dans la région au XVe siècle en imposant un système féodal dans lequel ils dominent politiquement les Hutu, comme au Rwanda voisin. Ils instaurent ainsi un système de castes et de clientèle fondé sur la possession du bétail. Cette société féodale est dirigée par un roi, le mwami, mais les structures politiques et sociales ne sont pas aussi rigides qu’au Rwanda. Le mwami ne dispose pas d’un pouvoir absolu et les divers clans royaux, les ganwa, intriguent pour le contrôle du pouvoir. Les mariages entre Hutu et Tutsi sont également plus courants au Burundi, où les Hutu jouissent, en outre, d’une plus grande autonomie économique. Par son ouverture sur le lac Tanganyika et la proximité de la grande route d’Afrique centrale vers Zanzibar, le Burundi est plus ouvert aux idées nouvelles que son frère jumeau du nord.

Le Burundi est colonisé par l’Allemagne dans les années 1880 sous son appellation locale d’Urundi, puis intégré à l’Afrique-Orientale allemande, avec le Rwanda (appelé Ruanda par les colonisateurs). Les troupes belges du Congo s’emparent des deux petits pays au cours de la Première Guerre mondiale avec l’aide des Britanniques et constituent le territoire du Ruanda-Urundi avec Usumbura (aujourd’hui Bujumbura) comme capitale. Placé sous mandat belge par la Société des Nations (SDN) en 1923, le Ruanda-Urundi est maintenu sous tutelle belge par l’Organisation des Nations unies (ONU) après la Seconde Guerre mondiale. Le colonisateur belge met en place, dès 1925, un régime d’indirect rule favorisant l’aristocratie tutsi (voir colonisation). Il institutionnalise également le clivage entre les deux