Point de passage traditionnel entre le lac Tchad et la vallée du Nil, le Darfour entretient des relations commerciales avec l’Égypte pharaonique et les royaumes de Méroé puis de Dongola. L’origine du royaume, qui émerge à partir du XIIIe siècle, demeure mal connue ; selon la tradition orale, elle serait liée à l’immigration des Berbères dans cette région. Partiellement islamisé sous l’influence du royaume tchadien du Bornou (voir empire de Kanem-Bornou), le Darfour s’affirme au XVIIIe siècle, dans la lutte que mène ses sultans contre les royaumes voisins du Ouaddaï et du Kordofan, ce dernier étant finalement annexé.

À cette époque, des caravanes de plusieurs milliers de chameaux et de centaines d’esclaves parcourent la « route des quarante jours » qui relie le Darfour à Assiout, sur le Nil. Le règne d’Abd er-Rahman, de 1785 à 1800, marque l’apogée du royaume, qui entretient des relations avec les Ottomans et avec Bonaparte, lequel, lors de la campagne d’Égypte en 1799, écrit au sultan du Darfour pour lui demander de lui procurer deux à trois mille soldats pour son armée.