Mais il est tué à son tour, en même temps que le président du Rwanda, Juvénal Habyarimana, leur avion ayant été atteint par un missile en atterrissant à l’aéroport de Kigali (Rwanda) le 6 avril 1994. Sylvestre Ntibantunganya, ancien président de l’Assemblée nationale, assume les fonctions de président, mais ne dispose pas de véritables pouvoirs, tandis que des massacres massifs visant Tutsi et Hutu modérés ensanglantent le Rwanda voisin et menacent de gagner le Burundi. Dès lors, la guerre civile larvée, qui n’a en fait jamais cessé depuis l’indépendance, s’accentue.

En mars 1996, le rapporteur spécial des Nations unies, chargé d’enquêter sur la situation au Burundi, estime à 15 000 morts, en 1995, le nombre des victimes d’un « génocide au compte-gouttes », touchant plus particulièrement les élites hutu (instituteurs, infirmiers, etc.). L’organisation Amnesty International dénonce, de son côté, les conditions dans lesquelles vivent les 70 000 réfugiés hutu rwandais dans les camps du Burundi. Selon elle, 1 500 réfugiés sont tués chaque mois par les forces de sécurité burundaises ou par les milices tutsi.

En juillet 1996, l’ancien président Pierre Buyoya prend le pouvoir et chasse le président hutu Ntibantunganya. Les pays voisins, suivis par la communauté internationale, décrètent un embargo, tandis que la rébellion hutu gagne plusieurs régions du pays.

Cet embargo, qui touche surtout les plus pauvres et enrichit ceux qui l’étaient déjà, est levé en janvier 1999. Entre-temps, le pouvoir développe une politique de « villagisation » en regroupant les populations hutu en hameaux, mais sans autre effet que d’accentuer le mécontentement populaire.

Les conflits qui ensanglantent le Rwanda et le Congo ont des effets directs sur la guerre civile au Burundi, les réfugiés hutu partageant le même sort que ceux des pays voisins et soutenant leurs rébellions respectives, ainsi que les insurgés ougandais. En 1997, le massacre des 300 000 réfugiés hutu rwandais du Kivu par les troupes rwandaises alliées à Laurent-Désiré Kabila touche également des réfugiés burundais. Ceux-ci sont nombreux aussi en Tanzanie, où leur présence suscite de fortes tensions entre les deux pays. Les négociations, qui ont lieu en juin 1998 à Arusha (Tanzanie) sous la médiation de l’ancien président tanzanien Julius Nyerere, tentent d’élaborer un « programme général de gouvernement de transition » impliquant les belligérants, mais sans les convaincre suffisamment. Nelson Mandela, qui reprend le rôle de médiateur, compte également sur le président Buyoya, partisan avéré du principe « un homme, une voix », pour débloquer la situation. Le partage du pouvoir reste essentiel pour la majorité hutu, tandis que la mainmise sur l’armée demeure primordiale pour la minorité tutsi.

Buyoya, Pierre