Mientras tanto, la cuestión de Macedonia se había complicado, pues Grecia no era el único país balcánico que ambicionaba esta región. La progresiva desintegración del Imperio otomano estimulaba las corrientes nacionalistas que surgieron en los Balcanes. Durante casi todo el siglo XIX, los incipientes estados balcánicos mantenían relaciones de paz entre sí, basadas en su mutuo antagonismo con Turquía; formaron alianzas y se contempló incluso la posibilidad de crear una confederación de estados balcánicos. No obstante, el reparto de Macedonia provocó grandes desacuerdos. El conflicto entre las distintas ambiciones políticas fue el resultado del énfasis dado a las diferencias religiosas entre musulmanes y cristianos, que provocó las disputas entre algunos pueblos balcánicos. En 1903, estalló una insurrección en Macedonia, cuyo objeto era obtener la unión con Bulgaria. Grecia decidió ayudar a Turquía en secreto y animó a las guerrillas griegas a cruzar la frontera y atacar a los búlgaros y vlachs de Macedonia.