Los altercados y la corrupción política, que impacientaban cada vez más a los jóvenes oficiales del Ejército, culminaron en un golpe de Estado en enero de 1966 que costó la vida al primer ministro Balewa y a dos primeros ministros regionales; el general Johnson Aguiyi-Ironsi estableció un gobierno militar y abolió el sistema federal. En julio oficiales del norte encabezaron la reacción y mataron a Ironsi. Su sucesor, el general Yakubu Gowon, restableció la federación. Durante este periodo muchos ibo que vivían en el norte murieron o tuvieron que buscar refugio lejos de su tierra natal, en el este. Las relaciones entre el gobierno federal y los ibo siguieron empeorando; en mayo de 1967 el gobierno federal anunció su intención de dividir la región Oriental en tres estados, que dejarían a los ibo sin acceso al mar y les cortaría la ruta a las ricas zonas petrolíferas de la región. Fue entonces cuando la región Oriental se separó y se proclamó independiente como Biafra. En julio se inició una guerra que duró dos años y medio antes de que la resistencia de Biafra fuera superada en enero de 1970.