León Carpio, que había destacado por sus denuncias a la violencia institucional, impulsó varias reformas constitucionales —como limitar el mandato presidencial a cuatro años—, estableció negociaciones con la guerrilla —agrupada en la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG)— y apoyó la creación de una comisión para delimitar responsabilidades sobre la violencia institucional, que había provocado en las tres últimas décadas más de 100.000 muertos y unos 50.000 desaparecidos; también favoreció el regreso de los miles de indígenas desplazados por la guerra, muchos de los cuales se habían refugiado en México.

En las elecciones presidenciales de noviembre de 1995 resultó triunfador el conservador Álvaro Arzú al frente del Partido de Avanzada Nacional (PAN). En diciembre de 1996, Arzú logró que la URNG renunciara a la lucha armada y aceptara la vía democrática como medio para acceder al gobierno del país. Este hecho, que supuso el fin de 36 años de duros enfrentamientos, le valió el reconocimiento internacional a través del Premio Príncipe de Asturias de Cooperación Internacional (véase Fundación Príncipe de Asturias), fallado en mayo de 1997 y que fue compartido entre su gobierno y la URNG.

además, unas 82.000 resultaron damnificadas en mayor o menor medida, al tiempo que el 60% de la producción de bananas fue arrasada.

En el mes de diciembre de ese mismo año, la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG) se constituyó como partido político, de carácter 'revolucionario, profundamente democrático y situado en la corriente político-ideológica de la izquierda democrática', en palabras de uno de sus dirigentes.
En ese mismo contexto, y dentro del proceso de reconciliación nacional, el presidente Arzú pidió perdón, ese mismo mes, por los excesos que las Fuerzas de Seguridad cometieron durante los años de guerra civil. Pocos meses después, en marzo de 1999, la antigua guerrilla hizo lo propio tras haberse hecho público a finales de febrero el informe elaborado por la Comisión de Esclarecimiento Histórico (CEH), también conocida como Comisión de la Verdad. En ese informe, se imputaban a la URNG 32 de las 669 masacres cometidas durante el conflicto, mientras que las restantes fueron atribuidas a las Fuerzas Armadas y a grupos paramilitares.
Como siguiente paso, en mayo se celebró una consulta para que los ciudadanos decidieran, según lo establecido en los acuerdos de paz firmados en diciembre de 1996, acerca de las 50 enmiendas constitucionales propuestas, por las que, entre otros asuntos, se reducía el poder militar, se abría el camino a una reforma judicial, se reconocían los derechos de los indígenas, que representan el 60% de la población total de Guatemala, y se establecía el derecho a atención médica gratuita. Al rechazo radical de la derecha política, económica y social, se unió la escasa participación, sobre todo por parte de la población indígena, a la que apenas se informó sobre la relevancia del referéndum para su futuro. Así, la abstención alcanzó el 81%, en tanto que un 50,6% de quienes acudieron a votar rechazaron las reformas y un 40,4% las apoyó. De este modo, quedó desbaratado el intento más serio y ambicioso por democratizar todas las instituciones y centros de decisión del país centroamericano.
El PAN convocó el 9 de noviembre de 1999 a todos los grupos sociales a unirse en una gran alianza con el objetivo de impedir que el ganador de la primera vuelta de las elecciones presidenciales celebradas dos días antes, el Frente Republicano Guatemalteco (FRG), fundado por el ex golpista y ex presidente Efraín Ríos Montt, lograra la presidencia del país en la segunda vuelta. El candidato del FRG, Alfonso Portillo, había superado en aquélla al panista Óscar Berger. El 7 de noviembre habían tenido lugar también elecciones legislativas y locales que permitieron al FRG alcanzar la mayoría en el Congreso y en muchos de los municipios del país. La izquierdista Alianza Nueva Nación (ANN), conformada por la antigua guerrilla de la URNG y otros dos pequeños partidos, se convirtió en la tercera fuerza política.
Portillo (que había sido derrotado años antes por Arzú) obtuvo el triunfo el 26 de diciembre de 1999 en la segunda vuelta de las presidenciales, con el 68,32% de los votos, frente al 31,68% que apoyó a Berger. La participación fue tan sólo del 41%. En la misma noche del triunfo, Portillo convocó a su principal contrincante y a la ANN a un pacto nacional basado en los acuerdos de paz de 1996, y el 14 de enero de 2000 fue investido presidente de la República. En el siguiente mes de junio, Guatemala, El Salvador y Honduras firmaron un acuerdo de libre comercio con México, destinado a estimular la economía.
Las siguientes elecciones presidenciales, celebradas el 9 de noviembre de 2003, estuvieron precedidas por numerosos actos violentos y por una polémica que dividió a la sociedad guatemalteca: si Ríos Montt podría concurrir pese a haber ejercido el poder tras un golpe de Estado (además, durante los años anteriores se habían efectuado varias denuncias contra el ex presidente por presuntos delitos de genocidio). Finalmente, el Tribunal Constitucional permitió su candidatura, aunque al obtener sólo el 19,3% de los votos quedó fuera de la segunda vuelta que habría de tener lugar el 28 de diciembre siguiente. A esta nueva ronda, necesaria al no superar el 50% de los sufragios ninguno de los postulantes, se presentaron los dos más votados: el derechista Berger (por la coalición Gran Alianza Nacional, Gana, integrada por el Movimiento Reformador, el Partido Solidaridad Nacional y el Partido Patriota) y el centrista Álvaro Colom (por la Unidad Nacional de la Esperanza). Se impuso Berger, el cual obtuvo el 54,1% de los votos y tomó posesión del cargo de presidente de la República el 14 de enero de 2004. El ejecutivo de Berger (quien había sido apoyado por la clase empresarial del país), tendría que gobernar junto a un nuevo Congreso (también emanado de la jornada electoral del 9 de noviembre), en el que Gana no contaría con mayoría absoluta.
En octubre de 2005, Guatemala sufrió uno de los peores desastres naturales de su historia. El paso por Centroamérica del huracán Stan, cuyas consecuencias serían aún más virulentas que las producidas años atrás por el Mitch, sembró el caos en el país, ocasionando centenares de víctimas mortales y de desaparecidos, así como una incalculable cifra de damnificados. Tal fue el grado de destrucción generado, que Berger declaró el “estado de calamidad pública”.

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