En 1993, el Consejo de la Revolución procedió a su autodisolución y designó a Umar Hasan Ahmad al-Bashir presidente de un nuevo gobierno civil y jefe de Estado. Según la Constitución de 1998, el presidente es elegido de forma directa para mandatos quinquenales.

La Constitución establece que el poder legislativo reside en un Consejo de Estado (50 miembros) y en la Majlis Watani (Asamblea Nacional), que integran un máximo de 450 miembros (el 75% es elegido de forma directa, y el resto, indirectamente). Las legislaturas duran seis años.

El sistema judicial sudanés se estructura en dos brazos: el de carácter civil (bajo cuya competencia se encuentran la mayor parte de los casos) y el islámico (que contempla asuntos de tipo personal y familiar). El primero está formado por el Tribunal Supremo, tribunales de apelación, tribunales superiores y juzgados.

En Sudán el servicio militar es de carácter obligatorio y tiene una duración de dos años. En 2004, las Fuerzas Armadas contaban con 104.800 miembros. El Ejército de Tierra está formado por 100.000 soldados, la Marina por 1.800 y las Fuerzas Aéreas por 3.000.

En Sudán apenas existen programas sanitarios y de bienestar social de la población. En el país prestaban servicio unos 7.550 médicos en 2004 (0,22 por cada 1.000 habitantes), pero apenas contaban con medios para mantener los servicios médicos. La situación en las zonas rurales es aún peor, ya que prácticamente no disponen de atención médica. La malaria es una enfermedad endémica en algunas zonas del país y la malnutrición está muy extendida entre sus habitantes.