La Conferencia Nacional finalizó en diciembre de 1992; a continuación, se disolvió la Asamblea Nacional (cámara legislativa), que fue sustituida por el Alto Consejo de la República (HCR en sus siglas en francés), formado por 435 miembros. Las tensiones entre el HCR, dominado por la oposición, y Mobutu, dieron lugar en 1993 a la creación de dos gobiernos rivales. En 1994, se acordó crear una asamblea legislativa de transición integrada por miembros del HCR y miembros de la antigua Asamblea Nacional. Este nuevo cuerpo legislativo estableció que el proceso de transición a la democracia no debía durar más de 15 meses, durante los cuales se organizarían elecciones y un referéndum constitucional. El periodo de transición, no obstante, se prolongó hasta 1996, año en el que se produjo el estallido de una rebelión en el este del país dirigida por Laurent-Désiré Kabila y en la que los tutsis banyamulenges tuvieron un destacado papel.

El triunfo de las fuerzas guerrilleras en mayo de 1997 supuso una auténtica transformación de las estructuras políticas del país.

Las instituciones creadas por las nuevas autoridades pasaron a estar dominadas por miembros de la Alianza de Fuerzas Democráticas para la Liberación del Congo-Zaire, cuyo principal dirigente, Laurent-Désiré Kabila, se atribuyó los plenos poderes a finales del mes de mayo, asumiendo la presidencia de la República y la jefatura de gobierno.

Laurent-Désiré Kabila fue asesinado en enero de 2001, siendo designado para sucederle su hijo Joseph Kabila. En julio de 2003, tras meses de negociaciones, el nuevo presidente estableció un gobierno de unidad en el que ingresaron como vicepresidentes dos de los líderes de los principales grupos rebeldes del país. En mayo de 2005, un Parlamento transitorio había redactado un proyecto constitucional que recibió la aprobación de la ciudadanía en un referéndum desarrollado el último mes de ese año. La nueva Constitución entró en vigor el 18 de febrero de 2006.

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