De geschiedenis van de stad begint in 1625, toen Hollandse kolonisten zich er vestigden. In 1626 kocht Peter Minuit het eiland Manhattan van de Indianen voor snuisterijen ter waarde van 60 gulden. In 1628 was het fort Amsterdam voltooid en woonden er 270 mensen in de nederzetting, die de naam Nieuw Amsterdam kreeg. De stad groeide langzaam en kreeg steeds meer een kosmopolitisch karakter, maar leed ernstige schade door de Indianenoorlog van gouverneur Kieft (1643–1645). Onder gouverneur Stuyvesant kwam er een zekere democratisering, er werd een gemeenteraad benoemd, die met de schout een gerechtshof vormde. Een census in 1656 telde 120 huizen en ruim 1000 inwoners. In 1664 veroverden de Engelsen de stad en veranderden de naam in New York. Gouverneur Francis Lovelace kocht in 1670 Staten Island van de Indianen en stelde in 1673 de eerste postdienst naar Boston in. In 1697 werd voor het eerst straatverlichting ingevoerd, in 1702 brak er een ernstige epidemie van pokken en gele koorts uit, die ruim 500 slachtoffers maakte. In 1731 werd het dorp Harlem in het noorden van Manhattan geannexeerd.

	In de Amerikaanse Vrijheidsoorlog werd de stad bezet door Washington (april 1776), maar weldra weer ontruimd na zijn nederlaag op Long Island (aug. 1776). In 1776 werd ook een groot deel van de stad door brand verwoest, volgens de Britse bezetters door een ongeluk, maar volgens de Amerikanen door Engels vandalisme. Van 1784 tot 1797 was de stad hoofdstad van de staat New York, waarna Albany werd verkozen. Van 1785 tot 1790 was zij tevens hoofdstad van de Unie. De eerste president, George Washington, legde de eed af op het balkon van Federal Hall-in Wall Street. De snelle groei van de stad bracht grote problemen mee: reeds voor 1800 ontstond een eerste slum aan wat nu de Lower East Side heet. Diverse malen woedden er grote branden (1778, 1796, 1804 en vooral 1835). De democratisering van het bestuur werd zeer versneld sinds in 1834 de burgemeester door het volk werd gekozen. Maar deze volksinvloed werd doorkruist door veel corruptie, vooral door de opkomst van Tammany Hall.
		Oud gebouw in New York. Beeld E. Buchot
	William Tweed, ‘boss’ van de stad sinds 1860, wist met de zijnen, de zgn. Tweed ring, in enkele jaren miljoenen dollars te verwerven, maar werd in 1871 ten val gebracht. In 1863, midden in de Burgeroorlog, was New York het toneel van de eerste grote rassenbotsing. De afkondiging van de dienstplicht leidde toen tot hevige volkswoede, die zich ontlaadde tegen de zwarte bevolking en leidde tot vele slachtoffers en enorme schade. In het algemeen kan men zeggen dat de situatie in New York in de tweede helft van de 19de eeuw zeer slecht was. De bevolking bleef maar toenemen, vooral met immigranten uit allerlei landen, die in grote ellende in slums leefden. Het bestuur was corrupt. In 1896 werd het zgn. Greater New York georganiseerd, dat (vanaf 1 jan. 1898) zou bestaan uit de vijf wijken Manhattan, Brooklyn, Bronx, Queens en Richmond (Staten Island). Deze agglomeratie had in 1900 3,4 miljoen inwoners.

De politiek werd nog lange tijd beheerst door Tammany Hall. Laatste vertegenwoordiger van deze organisatie was de kleurrijke burgemeester Jimmy Walker (1926–1932). Daarna volgde echter het uitstekende en krachtige bewind van Fiorello LaGuardia, die talrijke hervormingen tot stand bracht. Steeds schrijnender werd echter het probleem van de rassenverhouding.

In 1964 kwam het tot een zeer grote uitbarsting in Harlem, die met moeite kon worden bedwongen. In 1975 stond het bestuur van de stad voor een bankroet, wat o.m. de centrale Amerikaanse regering noopte tot het verstrekken van leningen. Op 11 september 2001 werden de twee torens van het World Trade Center verwoest doordat terroristen twee gekaapte passagiersvliegtuigen tegen de torens te pletter lieten vliegen. Ca. 3000 mensen kwamen hierbij om het leven. De schok in de stad was groot. Op 12 november 2001 stortte een Airbus A-300 van American Airlines met 255 inzittenden aan boord neer op de New Yorkse wijk Queens. Aanvankelijk werd gevreesd voor een nieuwe terroristische aanslag, maar het bleek een ongeluk te zijn.