Sur les bords du golfe de Tadjoura, il règne toute l'année une chaleur étouffante et humide, même si les pluies sont rares (moins de 50 mm par an). Toutefois, les nappes phréatiques abondantes affleurent le long des rivages, ourlés de corail et de lambeaux de mangrove. Il pleut davantage sur les monts Mabla et Goda qui culminent, au nord du territoire, au Moussa Ali (2 063 m) à la frontière éthio-érythréenne. Entre 1 000 et 1 500 mètres d'altitude subsiste la forêt relique de Day où poussent des genévriers et qui contraste avec la brousse à épineux, la formation végétale commune. Au sud de Djibouti, les plateaux de laves s'élèvent rapidement en gradins de faille jusqu'aux plateaux d'Ali Sabieh et Dikhil aux confins éthio-somaliens. Le graben du golfe de Tadjoura, prolongé par le lac Abhé (222 m), rencontre les rifts du lac Assal (— 157 m) et du golfe d'Aden.