Le catene principali sono la Sierra de los Órganos a ovest, la Sierra di Trinidad nella parte centrale del paese (entrambe non superiori ai 1.000 metri di altezza) e la Sierra Maestra a sud-est, che comprende la Sierra del Cobre e i monti Macaca; questa catena è la più importante per altitudine e dimensioni e comprende il Pico Real del Turquino (2.005 m), la vetta più elevata del paese.

Tra i fiumi, di corso breve e non navigabili, il più importante è il Cauto, che attraversa la sezione sudorientale dell’isola. La costa bassa e sabbiosa, che ha un’estensione di 3.735 km, presenta numerosi golfi, baie e un gran numero di porti naturali; tra questi i più importanti sono quelli dell’Avana, di Cárdenas, di Bahía Honda, di Matanzas e di Neuvitas, sulla costa settentrionale, e quelli di Guantánamo, Santiago di Cuba, Cienfuegos e Trinidad (Ancón), sulla costa meridionale.