Comprende la llanura pantanosa selvática del valle del río Atrato. Su territorio forma una barrera geográfica que separa el océano Pacífico del Atlántico conocida como ‘el tapón del Darién’. Tiene una extensión de 46.530 km² y un promedio anual de temperaturas de 28 ºC aproximadamente.

En su territorio se encuentran las serranías del Baudó, San Blas, Darién y Majé; sus costas están perfiladas por el cabo Corrientes, el golfo de Cupica, las puntas Ardita, Cruces y Manglares, y las bahías Solano, Humboldt, Cupica y Nabugá. Es una zona de una gran riqueza hidrográfica; entre sus principales ríos están el Atrato, San Juan, Sucio, Domingodó, Napipí, Baudó, Andagueda y Truandó. El Chocó forma parte de las reservas mundiales por su biodiversidad.