Es un territorio con una variada vegetación y fauna silvestre y constituye una de las pocas reservas naturales de la humanidad. Entre los principales ríos que discurren por su territorio están el Amazonas, considerado el más caudaloso del mundo, el Putumayo, el Caquetá y el Apaporis.

El departamento del Amazonas pertenece a la denominada región de la Amazonia colombiana, la cual cuenta con ayudas y cooperación internacional para la defensa de la biodiversidad allí existente. En 1978 se firmó el Tratado de Cooperación Amazónica con el que se proponía mantener el equilibrio entre el crecimiento económico y el medio ambiente. En la última década la Comisión Mundial recomienda la defensa del medio ambiente en la Amazonia amparada en dos postulados: la conservación de la reserva natural y una política indigenista.