Il mammifero più noto della fauna locale è l’agoutí, un piccolo roditore; si citano inoltre cani e maiali selvatici, accanto a numerose specie di rettili (serpenti, lucertole, caimani) e di uccelli tropicali.

Uno dei principali problemi cui il paese deve far fronte è la carenza di acqua potabile: soltanto la popolazione urbana ha di fatto un buon accesso a questa risorsa. Si verificano situazioni di carenza idrica benché il prelievo annuo, pari al 16,10% (2002), sia molto inferiore alle risorse idriche disponibili.

La deforestazione, pur con un tasso annuo modesto, comporta gravi conseguenze, poiché riguarda per la maggior parte aree di foresta primaria e provoca fenomeni di dissesto idrogeologico e di erosione del suolo.

I sedimenti prodotti da questi intensi processi erosivi soffocano le barriere coralline circostanti, che si trovano così a rischio di distruzione. Il 66,5% (2007) della superficie del paese è ufficialmente protetto. Tra i nove parchi nazionali si citano il Parco nazionale José del Carmen Ramírez, nel cuore dell’isola, il Parco nazionale Armando Bermúdez, sulla Cordigliera Centrale, e i parchi costieri di Jaragua, Los Haitises e Del Este.

Il governo ha sottoscritto accordi internazionali sull’ambiente in materia di biodiversità, cambiamento climatico, desertificazione, specie a rischio d’estinzione, eliminazione degli scarichi in mare, conservazione della vita marina, abolizione dei test nucleari e protezione dell’ozonosfera.