Hace tiempo se creía que los Países Bajos eran pobres en recursos minerales. En distintas regiones se explotaba la turba para su aprovechamiento como combustible, se obtenía sal, y se sabía que la provincia meridional de Limburgo contenía depósitos de carbón. En las décadas de 1950 y 1960 se descubrieron grandes yacimientos de gas natural en la provincia de Groninga. Hay otros más pequeños de petróleo en el norte y sur del país.

Los Países Bajos son uno de los países más activos de Europa a la hora de aplicar políticas de protección medioambiental; fue el primero en elaborar un plan nacional de desarrollo sostenible, centrándose en sectores como la agricultura y los transportes. Esta postura fue la respuesta a la contaminación que padecía el país, de la cual éste no era el único responsable.

La lluvia ácida ha afectado a una gran proporción de sus bosques, y la mayor parte de los contaminantes proceden de países como Alemania y el Reino Unido. Sin embargo, la situación debería mejorar con la aplicación de las directivas del plan sobre plantas de combustión de la Unión Europea (UE) y los Protocolos sobre Azufre de la Comisión Económica para Europa de las Naciones Unidas.

Los Países Bajos tienen un alto nivel de contaminación por nitratos en el agua, y únicamente Nueva Zelanda utiliza más fertilizante por unidad de tierra. Tres ríos fuertemente industrializados —el Rin, el Escalda, y el Mosa— convergen en Rotterdam, el puerto más grande del mundo.

En la actualidad, el 60% de la población vive por debajo del nivel del mar,