Il genere unisce caratteristiche tipiche dell’uccello moderno ad altre peculiarità anatomiche dei rettili. Se gli scheletri rinvenuti non avessero mostrato chiaramente impronte di penne identiche a quelle degli uccelli moderni, probabilmente sarebbero stati classificati tra i piccoli dinosauri. In Archaeopterix, infatti, erano ancora presenti i denti, che mancano in tutti gli uccelli moderni, e le vertebre caudali, che non erano fuse come negli attuali uccelli, ma formavano una lunga coda, simile a quella delle lucertole.

In un recente studio, tuttavia, un gruppo di ricerca della Oregon State University ha riconsiderato la classificazione di un fossile di rettile rinvenuto nel 1970, Longisquama insignis, e messo in dubbio il titolo di Archaeopterix di più antico uccello conosciuto.

Longisquama era un piccolo vertebrato a quattro zampe, vissuto circa 220 milioni di anni fa. Era dotato di insolite appendici caudali che, inizialmente considerate dai paleontologi soltanto lunghissime squame (da cui il nome del genere, Longisquama), sono state ora riconosciute come penne primitive. La presenza di penne è sufficiente per classificare un animale tra gli uccelli e quindi per considerare Longisquama il più antico uccello conosciuto. La derivazione degli uccelli dai dinosauri sarebbe quindi messa in discussione: Longisquama, infatti, visse prima della comparsa di quei dinosauri da cui fino a oggi si riteneva che si fossero evoluti gli uccelli.

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