Además, la situación de la política interna durante las décadas de 1970 y 1980 provocó enfrentamientos políticos que han reducido la cooperación económica con sus vecinos de África oriental, Kenia y Tanzania; también afectó negativamente la sequía que comenzó en el norte del país a finales de la década de 1970. El producto interior bruto en 2006 era de 9.419 millones de dólares, lo que equivalía a 315 dólares de renta per cápita.

El sector agropecuario es el dominante en la economía de Uganda. Los principales cultivos comerciales son el café y el algodón y suponen más del 90% del valor anual de las exportaciones. La producción agrícola anual en 2006 era de unas 133.310 t de café, 37.000 t de algodón, 687.000 t de mijo,

289.000 t de sorgo, 1.258.000 t de maíz, 628.000 t de patatas, 4.926.000 t de mandioca y 1.950.000 t de caña de azúcar. La cabaña ganadera contaba con unas 6,97 millones de cabezas de ganado vacuno, 8,03 millones de caprino, 1,65 millones de ovino y 22,8 millones de aves de corral.

Uganda produce maderas duras para exportar, sobre todo la caoba. La tala anual en 2006 era de unos 117.000 m³ de madera, de los cuales más del 85% se utilizaba como combustible. Los mayores ríos y lagos de Uganda se explotan comercialmente y su pesca tiene un consumo local. Las capturas en 2005 suponían 427.575 toneladas; las principales especies capturadas son la tilapia y la perca del Nilo.