El plátano, la yuca, el maíz, la papa (patata) y la caña panelera son los principales productos agrícolas; en la ganadería, se desarrollan los aspectos lecheros y de cría, levante y ceba de vacunos. La explotación petrolífera es el sector más importante en los ingresos departamentales y su producto es transportado por el oleoducto transandino hasta Tumaco, en el océano Pacífico. La explotación forestal ofrece gran variedad de maderas, plantas medicinales, oleaginosas, fibrosas y resinosas.

Sobre el río Putumayo, entre Puerto Asís y Puerto Leguízamo, se encuentra el Parque nacional natural de La Paya, uno de los principales atractivos del departamento.