Dans les plaines occidentales du département, la polyculture associe les céréales et les fourrages. L’agriculture des plateaux et des montagnes de l’avant-pays jurassien est orientée principalement vers l’élevage laitier (fromage des « fruitières » : comté, gruyère, vacherin). La sylviculture représente également une source de revenus importante pour les communes montagnardes (sapins, épicéas). Elle alimente l’industrie du bois (Pontarlier). La vallée du Doubs réunit les deux pôles économiques du département : Besançon (horlogerie, industrie textile, constructions mécaniques et armement) et Montbéliard (acier, outillage, industrie automobile représentée par les usines Peugeot installées à Sochaux, dans sa banlieue est). De nombreuses industries sont également dispersées dans le département, notamment la métallurgie (Audincourt), la mécanique de précision (Maîche, Morteau, Pontarlier), le textile (Baume-les-Dames, Ornans), l’agroalimentaire (Morteau, Pontarlier). Les monts du Jura assurent au département une activité touristique estivale et hivernale importante (Les Hôpitaux-Neufs, Mouthe).