Nel Kosovo le conseguenze del conflitto furono drammatiche. La comunità albanese, costretta, dopo l’inizio dell’attacco aereo della NATO, ad abbandonare le proprie case dalla repressione serba e a cercare rifugio nei paesi vicini (Albania, Macedonia e Montenegro), trovò al suo rientro città e villaggi colpiti dai bombardamenti e sistematicamente saccheggiati e messi a ferro e fuoco dalle truppe di Belgrado. La comunità serba fu sottoposta nei mesi successivi alla rappresaglia albanese (in cui si distinsero le milizie dell’UÇK) e fu a sua volta costretta ad abbandonare in massa la provincia.

L’intervento della NATO inflisse gravissime perdite, umane ed economiche, alla Serbia, sottoposta per più di due mesi a un intenso bombardamento che colpì, oltre agli obiettivi militari, la rete di comunicazione stradale e ferroviaria, ospedali, scuole e numerose fabbriche. Il regime serbo, pur essendo riuscito a contenere la crisi che lo stava erodendo da anni, fu del tutto isolato a livello internazionale e incapace ad avviare la ricostruzione del paese. Nel corso del 2000 Milośević, accusato di crimini contro l’umanità dal Tribunale dell’Aia, vide precipitare il suo consenso presso la popolazione serba, sempre più stretta nella morsa della crisi economica, ma perse anche il sostegno di interi settori del regime e dell’esercito. Nel tentativo di puntellare il suo ormai traballante potere, tra la primavera e l’estate impose al Parlamento federale una serie di emendamenti alla Costituzione della Federazione e, assicuratosi in questo modo il diritto di concorrere nuovamente alla presidenza, indisse nuove elezioni.