Ya durante el siglo XVI, cuando se produjo la Reforma, e incluso de forma más marcada durante los siglos XVII y XVIII, se hizo notorio que el cristianismo estaba obligado a definirse ante el auge de la ciencia y la filosofía modernas. Este problema se hizo presente en todas las Iglesias, aunque de distinto modo. El hecho de que Galileo hubiera sido condenado por la Inquisición, acusado de herejía, encontró más tarde su equivalente en las controversias protestantes acerca de las consecuencias de la teoría de la evolución en el relato bíblico de la creación. El cristianismo, por lo general, también actuaba a la defensiva frente a otros movimientos modernos. El método crítico histórico que se empleaba para estudiar la Biblia, y que había comenzado a utilizarse en el siglo XVII, parecía estar amenazando la autoridad de las Escrituras, por lo que se condenó el racionalismo del Siglo de las Luces por considerarse una fuente de indiferencia religiosa y de anticlericalismo. Considerando la importancia que se concedía a la capacidad del hombre para determinar el destino de la humanidad, incluso la democracia podía ser condenada por la Iglesia.