Mientras los emperadores Fernando I y su hijo Maximiliano II estuvieron ocupados con la amenaza de la invasión turca, el protestantismo en Alemania se expandió rápidamente. Sin embargo, su progreso se detuvo por la Contrarreforma. El Concilio de Trento (1545-1563), dominado por los jesuitas, abolió la venta de indulgencias pero también modificó la doctrina y el culto e impidió la reconciliación con los protestantes. Los jesuitas fundaron centros en ciudades alemanas, donde consiguieron mucho apoyo en favor del catolicismo. Los gobernadores de Baviera, Austria, Salzburgo, Bamberg y Würzburg restablecieron el catolicismo, creando un bloque católico en el sur de Alemania.

La tensión subió entre ambas confesiones. Los príncipes protestantes bajo Federico IV formaron la Unión Protestante en 1608. En 1609, Maximiliano I, duque de Baviera, agrupó a los príncipes católicos en la Liga Católica. El emperador Rodolfo II, un erudito recluido en Praga e incapacitado para gobernar, se vio forzado a renunciar de su cargo en favor de su hermano Matías, quien no demostró más efectividad.