Na de terugtrekking van de troepen werden verkiezingen beloofd, tegelijkertijd namen de guerrilla-activiteiten in het land toe. Na het mislukken van de internationale vredesconferentie te Parijs (augustus 1989) en twee bijeenkomsten in Jakarta (februari 1990 en september 1990) begon een moeizaam onderhandelingsproces tussen de Cambodjaanse verzetsgroepen en de nog door Vietnam geïnstalleerde regering. Uiteindelijk keerde prins Norodom Sihanouk in november 1991 naar Phnom Penh terug, nadat op 23 oktober de strijdende partijen onder toezicht van de vijf permanente leden van de VN-Veiligheidsraad het vredesakkoord tekenden, dat de weg vrijmaakte voor de komst van de UN Transitional Authority in Cambodia (UNTAC). Deze troepen moesten toezicht houden op het staakt-het-vuren, de vier strijdende partijen deels ontwapenen en het zodoende mogelijk maken dat vrije verkiezingen gehouden konden worden.

De vier partijen vormden samen met de UNTAC een overgangsregering, de Opperste Nationale Raad (ONR). De Rode Khmer onder leiding van Khieu Samphan bleef echter dwarsliggen en trok in april 1993 al haar vertegenwoordigers terug uit Phnom Penh, waar zij sinds eind 1991 deelnamen aan overleg en regering. Na de in mei 1993 gehouden – dankzij VN-toezicht inderdaad vrije verkiezingen – bleek dat het Verenigd Nationaal Front voor een Onafhankelijk, Neutraal, Vredelievend en Samenwerkend Cambodja (FUNCINPEC) gewonnen had.

De Rode Khmer had, tegen de aanvankelijke verwachting in, de verkiezingen niet verstoord, evenwel nadat prins Norodom Sihanouk had toegezegd de Rode Khmer in elk van zijn te vormen regeringen te zullen opnemen. De voortgang van het vredesproces werd ernstig in gevaar gebracht door de weigering van Democratisch Kampuchea (DK, oftewel de Rode Khmer) om de wapens in te leveren en de kiezers te laten registreren in districten die onder haar gezag stonden (naar schatting 20% van het Cambodjaanse grondgebied). In de eerste maanden van 1994 braken hevige gevechten uit tussen het regeringsleger en de Rode Khmer. Pogingen van koning Norodom Sihanouk om de Rode Khmer aan de onderhandelingstafel te krijgen liepen op niets uit. De toenemende binnenlandse crisis eiste haar tol op economisch gebied, terwijl machtsmisbruik van militairen en burgerlijke gezagsdragers (onder meer verdacht van betrokkenheid bij de drugshandel), het ontbreken van een adequaat rechtssysteem en terreur van de Rode Khmer voor een

Hierdoor kwam de weg vrij voor de door de internationale gemeenschap bepleite verkiezingen. Bij deze onder VN-toezicht uitgevoerde parlementsverkiezingen van 26 juli 1998 kwam Hun Sens Cambodjaanse Volkspartij met 41,4% van de stemmen als grootste uit de bus, op enige afstand gevolgd door het door Ranarridh geleide FUNCINPEC (31,5%). Nieuwkomer Sam Rainsy, oud-minister van Financiën en leider van een groep die zich als populaire anti-corruptiepartij manifesteerde, kreeg 14,2%. Met de uitslag van de redelijk eerlijk verlopen verkiezingen en de vorming van een wankele coalitieregering op 30 november in de internationale gemeenschap hoopte Cambodja’s sterke man Hun Sen weer opgenomen te worden in de internationale gemeenschap: toetreding tot de ASEAN, bezetting van de Cambodjaanse zetel in de VN en hervatting van buitenlandse hulp, die na de coup van 1997 was stopgezet. Een meerderheid van de ASEAN-landen besloot echter in december dat toetreding nog voorbarig was. De VN-zetel bleef eveneens leeg. Ook buitenlandse investeringen bleven uit.

Belangrijke Rode Khmer-leiders, Khieu Samphan en Nuon Chea, gaven zich in december 1998 over. De overgebleven Rode Khmer legden de wapens neer en erkenden het wettig gezag van Hun Sen. Er kwamen steeds meer bewijzen dat Pol Pot op 15 april 1998 zelfmoord had gepleegd. In april werd Cambodja officieel toegelaten tot de Associatie van Zuidoost-Aziatische Naties (ASEAN).